Для того, чтобы пробежаться по стене, Альтаир должен повиснуть на руках, упираясь ногами в стену. Теперь выбирайте направление движения, переходите в высокую стойку, и нажимайте клавишу "ноги". Альтаир пробежит в заданном направлении, но, если не найдет выступ, за который можно ухватиться, свалится со стены.

Примечание: трюк сложный, и необходим лишь для поиска некоторых флагов.

Действие игры одновременно разворачивается в недалёком будущем и в прошлом, во время третьего Крестового похода (1191 год). В будущем времени героем является Дезмонд Майлз, обычный бармен, который был похищен корпорацией «Абстерго Индастриз» (с лат. очистка, зачистка), крайне заинтересованной в генах Дезмонда. Очнувшись, герой обнаруживает себя лежащим в странном устройстве в лаборатории. В курс дела его вводят двое ученых: Люси Стиллман и Уоррен Видик. Дело в том, что он является последним из древнего рода убийц, служивших в Братстве ассасинов. В частности, одним из его предков был убийца по имени Альтаир ибн Ла-Ахад (الطائر ابن لا أحد, с арабского Летящий, сын Никого), который и является героем действия в прошлом. Люси и Видик, с помощью аппарата «Анимус» (лат. anim — душа), декодирует генетическую память Дезмонда, которая, по словам Уоррена, содержит помимо всего прочего, воспоминания о деяниях его предков. Молодому бармену приходится раз за разом переживать приключения своего дальнего родственника.

Альтаир — убийца, один из лучших во всём Братстве Ассасинов. Поэтому ему поручено вместе с двумя напарниками найти гробницу в районе Иерусалима и добыть из неё некий важный артефакт. В этой гробнице Альтаир встречается лицом к лицу с Крестоносцами, которые также разыскивают ценность. Он решает, что это отличный шанс уничтожить Робера IV де Сабле, гроссмейстера Тамплиеров. Проявив самонадеянность, ассасин провалил покушение на жизнь де Сабле и подставил под удар своих напарников. Он ни с чем вернулся в Масиаф, где поведал старцу Аль-Муалиму (учитель по-арабски или азербайжански) о своём крахе. К несчастью Альтаира, один из его напарников выжил, потеряв руку и брата, и вернулся в Братство. Более того, он принёс с собой искомую реликвию — «Частицу Эдема». В это время на Масиаф напал Орден Тамплиеров, и хотя Альтаир помог ассассинам отбиться, его обвинили во всех жертвах этого нападения и поступлении тремя основными принципами братства, главный из которых — «Не подставляй под угрозу Братство». Аль-Муалим разыграл казнь Альтаира.

После этого Альтаир пришёл в себя и узнал, что он вовсе не мёртв. Однако он был полностью понижен в ранге и уровень доверия к нему упал. Чтобы восстановить свою репутацию в глазах Братства и обрести «мир в себе», Альтаир должен убить девятерых важных лиц в трёх городах: Дамаске, Акре и Иерусалиме.

Постепенно, убивая одну цель за другой, Альтаир выясняет, что его жертвы связаны между собой. Каждая из девяти жертв перед смертью раскрывала часть плана насильственного захвата мира Тамплиерами. Убив девятую жертву (Робера IV де Сабле) Альтаир отправляется в Масиаф. Оказывается, что Аль Муалим предал Братство — использовал артефакт «Частица Эдема» для порабощения населения Масиафа, а Альтаир убивал тех, кто хотел завладеть артефактом, конкурентов Аль-Муалима. В тяжёлом бою ассасcин убивает предателя и хочет уничтожить артефакт, но потом решает оставить его себе, надеясь найти ему применение на благо.