Действие игры происходит почти за 4000 лет до событий, описанных в фильмах. Игра начинается на корабле «Шпиль Эндара», атакованном флотом ситхов около планеты Тарис. Игрок и один из пилотов, Карт Онаси, спускаются на Тарис в спасательной капсуле. Их первоочередная цель — найти джедая Бастилу Шен, которая командовала их кораблём. Она обладает редким даром боевой медитации, благодаря которому Республике удавалось до сих пор сдерживать натиск ситхов. Годом ранее с помощью Бастилы джедаи попытались захватить тёмного владыку ситхов Дарта Ревана, но во время абордажа его ученик Дарт Малак открыл огонь по кораблю учителя, и тем самым захватил власть. С тех пор Малак беспрестанно охотится на Бастилу, желая либо уничтожить её, либо использовать её способности в своих целях.

Классы

При создании персонажа в начале игры нужно выбрать один из трёх классов:
Солдат (англ. Soldier) — сильный боец с большим числом очков жизни.
Негодяй (англ. Scoundrel) — слабый, но ловкий персонаж, специализирующийся на скрытном передвижении, ударах исподтишка и т. п.
Разведчик (англ. Scout) — промежуточный между солдатом и преступником класс.

В какой-то момент главный герой становится джедаем и должен выбрать себе новый класс:
Джедай-хранитель (англ. Jedi Guardian) — джедайский аналог Солдата, специализируется на бою световым мечом, обладает большими физическими способностями, но за счёт этого страдают навыки обращения с Силой. Обладает навыком, позволяющим сблизиться с противником одним сверхдлинным прыжком. Цвет светового меча — синий.
Джедай-страж (англ. Jedi Sentinel) — универсальный боец, одинаково умелый как с оружием, так и с Силой, но не блистающий ни в чём. Обладает неуязвимостью к некоторым отрицательным эффектам, таким как панический страх, а позднее к оглушению и парализации. Цвет светового меча — желтый.
Джедай-консул (англ. Jedi Consular) — класс, сосредотачивающийся на развитии навыков обращения с Силой. Цвет светового меча — зелёный.


Также существуют классы, недоступные главному герою, так как рассчитаны только на дроидов:

Дроид-эксперт (англ. Expert Droid) — класс, ориентированный не на бой, а на выполнение вспомогательных задач: взлома компьютерных систем, ремонта и разминирования. К этому классу принадлежит T3-M4.

Боевой дроид (англ. Battle Droid) — ориентирован на бой с применением бластерного оружия. К этому классу принадлежит HK-47.

Сила

Заменой магии в «Звёздных войнах» служит Сила, которой наделены персонажи-джедаи и некоторые враги. Аналогом заклинаниям служат «силы» (англ. Force Powers), которые делятся на три категории: светлые, тёмные и нейтральные. Изучение сил происходит по той же схеме, что и навыков: каждая сила имеет 2-3 уровня умения, которые можно повышать при получении нового уровня персонажа: даются 0-2 очка, которые можно использовать для повышения навыка в силе. Использование сил идёт за счёт запаса очков силы (англ. Force Points), который медленно восстанавливается.

Любой персонаж-джедай может изучить любую силу, для которой достаточно его уровня. При этом можно использовать как тёмные, так и светлые силы вне зависимости от того, к Свету или Тьме принадлежит персонаж, однако при использовании светлым персонажем светлой силы он тратит меньше очков, чем нейтральный, а при использовании тёмной — наоборот, больше. Такие же ограничения распространяются и на тёмных персонажей.